1950年，HACCP系統尚未被提出之前，當時的食品安全檢驗方法只有一種，那就是透過龐大的統計採樣和抽檢，來確認整批食物成品是否安全。但這種方法的缺點有三大缺點：
1.破壞性檢驗。以往抽樣檢驗方法必須將成品破壞，才能進行檢驗。
2.檢驗成本高昂。為了讓檢查結果數據精確，因此必須抽樣一定比例的成品，所得到的統計結果才有意義，因此也造成成本浪費。
3.缺乏挽救措施。傳統的抽樣統計方法若得到本批成品無法通過檢驗標準的結論，則業者必須將產品整批報銷，無任何挽救措施。
1960年，當時美國太空總署、拿第客（Natick）陸軍實驗室以及一間民營食品公司Pillsbury，共同負責製造太空食品。為了確保太空食品安全無虞，於是創新研發了一套食品「前端」製程，取代傳統「後端」成品統計抽樣方法。
1971年，由美國太空總署、拿第客（Natick）陸軍實驗室及民營食品公司Pillsbury所研發的這套創新製程，在美國保健會議上提出之後，立即引發各界高度關注。
1973年，美國食品藥物管理局（Food and Drug Administration，FDA）首度嘗試將這套檢驗方法應用在低酸性食品罐頭的管理，實施結果非常成功，有效大幅減低肉毒桿菌的中毒事件。
1980年，當時美國發生幾起重大食物中毒事件，因此國會要求政府必須拿出具體解決方案。美國海洋漁業服務處（National Marine Fisheries Service，NMFS）
建立水產品HACCP稽查模式，並於1994年公佈水產品HACCP聯邦法規。而後，美國全面規定國內外食品廠商都必須實施HACCP系統。
1998年，歐盟法規正式要求每家食品公司都必須導入HACCP系統，嚴格要求輸入與輸出食品都必須擁有HACCP驗證標章（Certification logo）。